植物园的分子数字化：689 种维管植物的高深度基因组测序
基因组测序已经改变了植物研究，为物种多样性、演化和适应提供了洞见。然而，拥有完整基因组序列的植物物种数量仍然有限。在我们发表于 GigaScience 的最新研究中，我们展示了采自中国瑞丽植物园的 689 种维管植物的高深度全基因组测序，标志着迈向大规模植物基因组研究的重要一步。
主要发现
- 大规模基因组数据生成：
- 我们采集了 1,093 份样本，测序了 761 份植物标本，生成了 54 Tb 的数据集，每个物种的平均测序深度为 60X。
- 凭证标本被编目并保存在国家基因库标本馆中，确保精确的分类学参考。
- 利用基因组学进行全面的植物鉴定：
- 共有 257 份样本被鉴定到物种水平，而 504 份样本被分类到科水平，使用叶绿体基因组和形态学分析完成。
- 我们为 689 个物种组装了叶绿体基因组，并利用 78 个叶绿体基因构建了系统发育参考树，提高了物种鉴定的准确性。
- 估计基因组特征：
- 利用计算工具，我们估算了测序植物的基因组大小、重复序列含量和杂合度，为基因组复杂性和结构提供了洞见。
- 该数据集为研究植物基因组演化、多倍化和物种分化提供了机会。
思考
华大成立国家基因库后，我们引入了三大核心库的概念：样本库、数据库和活体标本库。作为生物多样性数字化努力的一部分，我们与植物园合作，利用我们在基因组测序和数据整合方面的专长，启动了一系列植物基因组研究。这个项目正是在这一框架下开展的，在瑞丽植物园进行了大量采样和测序。
我们的使命是加强物种鉴定、标本保存和基因组测序，并展望更广泛的生物多样性保护。展望未来，如果我们能继续完善基因组组装技术，我们将进一步改进植物基因组研究，实现更深入的演化分析，惠及科学界。
本研究的全文可在 GigaScience 在线获取。