解析毛竹快速生长奥秘：首个居间分生组织单细胞时空图谱
我们近期的研究发表于《美国国家科学院院刊》（PNAS），通过空间转录组技术首次揭示了毛竹居间分生组织的细胞异质性及其驱动快速生长的调控网络。
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探索南极磷虾线粒体基因组：揭示遗传多样性与种群动态
南极磷虾（Euphausia superba）是南冰洋生态系统的基石物种，在全球海洋生物多样性和生物地球化学循环中发挥着至关重要的作用。在我们近期的研究中，我们利用先前发表的南极磷虾全基因组测序数据，对其线粒体基因组进行了深度分析，揭...
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转录组分析新范式：TRADE 方法解析
近期发表在《自然》（Nature）杂志上的一项研究报道了一种创新的 RNA-seq 分析方法——TRADE，这可能代表了未来转录组数据分析的重要方向。
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突破边界！小鼠展现“营救”行为，重新定义动物社会认知
发表在《科学》（Science）上的一项突破性研究揭示了小鼠如何对无意识同伴表现出复杂的营救行为，挑战了我们对动物社会行为的固有认知。
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新论文揭示小鼠心脏发育的时空图谱
我们非常激动地宣布，XinLab 在《GigaScience》（2025年第14卷）上发表了新论文，题为“Exploring the Cellular and Molecular Basis of Murine Cardiac Dev...
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七鳃鳗细胞图谱研究揭示 Natterin 蛋白在脂肪棕构化中的作用
由 刘心（华大研究院 / XinLab）、范广益（华大研究院）、李庆伟（辽宁师范大学）和庞越（辽宁师范大学）共同通讯的研究论文发表于《自然·通讯》（Nature Communications）。该研究构建了七鳃鳗（Lethentero...
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赫里科尼亚属植物高度保守的叶绿体基因组图谱揭晓
我们非常高兴地宣布，XinLab 在《植物科学前沿》（Frontiers in Plant Science，2025年第15卷）上发表了题为“Unveiling the Conserved Nature of Heliconia Ch...
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单细胞多组学研究揭示大莎草C3/C4光合作用切换的分子机制
我们近期的研究揭示了大莎草（Eleocharis baldwinii）如何通过环境触发的顺式调控变化，在C3和C4光合模式之间进行灵活切换。
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《Cell》正刊：解码万米深渊钩虾的群体演化与极端环境适应
我们近期在《Cell》发表的研究，通过对 600 余只深海钩虾的基因组分析，揭示了宿主与共生菌协同演化以适应超高压深渊环境的奥秘。
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多组学图谱揭示水熊虫抗辐射的分子基础
在最新的合作项目中，我们深入探讨了一个新鉴定的水熊虫物种——河南高生熊虫（Hypsibius henanensis sp. nov.）抗辐射的分子基础。通过结合基因组学、转录组学和蛋白质组学的全面多组学策略，我们试图揭开水熊虫在极端电...
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基于 DNBelab C4 平台的 mtscATAC-seq 技术正式发布
我们最近在《Aging Cell》上发表的论文介绍了一种新开发的单细胞线粒体测序方法。在此，我们分享该论文的主要发现及方法学细节。
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定位鹰嘴豆耐旱性：基于 MAGIC 群体全基因组重测序的见解
在与 Rajeev Varshney 博士持续进行的长期合作中，我们的团队在理解和增强鹰嘴豆（Cicer arietinum）的耐旱性方面又向前迈进了一步。我们最近发表在《植物基因组》（The Plant Genome）上的研究，利用...
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鹰嘴豆属“超泛基因组”研究：为品种改良提供新见解
2024 年 5 月 23 日，一项发表在《自然·遗传学》（Nature Genetics）在线版的研究展示了 8 个鹰嘴豆野生近缘种的基因组以及鹰嘴豆属（Cicer）的超泛基因组，为作物改良提供了重要资源。
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基于白藤叶绿体基因组的棕榈藤系统发育研究
由 Zhang 等人发表在《BMC Genomic Data》上的最新研究，首次提供了重要棕榈藤物种——白藤（Calamus tetradactylus）的完整叶绿体基因组序列，揭示了其基因组特征及其在棕榈科（Arecaceae）中的...
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博来霉素诱导肺纤维化小鼠模型中纤维化与消退过程的细胞及分子见解
肺纤维化是一种慢性肺部疾病，治疗选择有限且死亡率较高。为了更好地理解这一病理过程，我们利用广泛认可的博来霉素诱导肺纤维化小鼠模型，并应用 Stereo-seq 空间转录组技术，研究了纤维化发生及其消退全过程中的细胞和分子变化。我们的研...
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脂鲤目鱼类基因组特征及其牙齿发育的遗传基础
鱼类作为最古老的脊椎动物，与后期进化的脊椎动物相比，展现出许多独特的生物学特征。我们最近关于脂鲤目（Characiformes）基因组的研究深入探讨了这一多样化淡水鱼类类群牙齿发育的遗传基础。这项工作是万种鱼基因组计划（Fish10K...
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蝴蝶鱼染色体级基因组揭示独特的体色图案与形态特征
蝴蝶鱼（蝴蝶鱼科 Chaetodontidae）是珊瑚礁中极具代表性的居民，以其绚丽的体色和特化的颌部形态而闻名。我们于 2023 年 8 月 17 日发表在《DNA Research》上的最新研究，发布了长吻砧嘴鱼（Chelmon ...
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南极磷虾染色体级基因组：解锁环境适应与群体动态的奥秘
南极磷虾（Euphausia superba）是地球上生物量最大的野生动物，在南冰洋生态系统中发挥着核心作用。这一物种庞大的生物量支撑了海洋食物网，并影响着全球生物地球化学循环。在发表于《细胞》（Cell）的最新研究中，我们发布了南极...
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Symbiont-Screener：长读长宏基因组测序中宿主与共生体序列的高效分离工具
共生现象在自然界中广泛存在，生物样本往往包含来自多个物种的数据。在这种情况下，测序结果经常混杂着非目标物种的数据，我们通常称之为“污染”。去除这些污染以隔离宿主特异性序列，对于高质量的基因组研究至关重要。为了应对这一挑战，我们最新的研...
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全面的鹰嘴豆遗传变异图谱：来自 3,366 份基因组的见解
鹰嘴豆（Cicer arietinum）是世界上最重要的豆类作物之一，长期以来一直是农业基因组学研究的焦点。在与 Rajeev Varshney 教授团队最新的合作研究中，我们对 3,366 份鹰嘴豆资源进行了全基因组测序，构建了迄今...
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草地贪夜蛾染色体级基因组组装：揭示其入侵路径与农药抗性机制
草地贪夜蛾（Spodoptera frugiperda）是一种极具破坏性的害虫，已在多个大洲迅速蔓延，对玉米、水稻、甘蔗和高粱等主粮作物造成了严重破坏。在发表于《Protein & Cell》的最新研究中，我们发布了草地贪夜蛾...
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工业废水中的微生物多样性：挖掘溯源追踪的潜力
了解工业废水中的微生物多样性对于高效的环境监测和管理至关重要。在发表于《环境研究》（Environmental Research）的最新研究中，我们探索了采集自中国深圳不同工厂的工业污水微生物组成。利用高通量 16S rRNA 基因测...
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揭示毛竹的遗传多样性：一项群体基因组学研究
几个世纪以来，竹子一直是中华文化和日常生活中不可或缺的一部分，它不仅是核心的自然资源，更是一种深厚的文化象征。毛竹（Phyllostachys edulis）作为栽培最广泛的竹种，覆盖了广袤的国土，在生态和经济可持续发展中发挥着至关重...
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比较分析右半结肠癌、左半结肠癌与直肠癌的克隆演化差异
肿瘤演化是一个动态且复杂的过程，其生长模式的差异会显著影响疾病进展和治疗效果。在发表于《iScience》的最新研究中，我们对来自 68 名结直肠癌（CRC）患者的 206 个肿瘤区域进行了高深度全外显子组测序（WES），旨在揭示不同...
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解码 Neo-Y 染色体的演化：条石鲷基因组研究带来的启示
性染色体演化是基因组研究中最引人入胜的过程之一，对于理解遗传分化和适应性具有深远影响。在发表于《分子生物学与进化》（Molecular Biology and Evolution）的最新研究中，我们组装了条石鲷（Oplegnathus...
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全球生菜基因组学研究：揭示栽培生菜的驯化历史与遗传多样性
生菜（Lactuca sativa）是全球消费最广泛的叶菜之一，然而其遗传多样性和驯化历史在很大程度上仍未得到充分探索。在发表于《自然·遗传学》（Nature Genetics）的最新研究中，我们对全球收集的 445 份莴苣属（Lac...
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红树林根际真菌基因组见解：理解海岸生态系统中的微生物适应性
红树林是生物多样性最丰富、生态生产力最高的生态系统之一，孕育了大量的植物、动物和微生物。真菌，特别是栖息在红树林根际（Rhizosphere）的真菌，在有机物分解、营养循环以及与植物的共生互动中发挥着至关重要的作用。然而，它们的基因组...
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SLR-superscaffolder：一种针对合成长读长的全新基因组挂载工具
基因组组装是基因组学研究的基石，它能够将原始测序数据重建成完整的遗传序列。随着测序技术的进步，合成长读长（Synthetic Long Reads, SLR）已成为提高组装质量的一种高效策略。在发表于《BMC Bioinformati...
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宏基因组分析揭示印度洋微生物群落结构与氮获取策略
尽管印度洋是世界第三大洋，但在微生物多样性和生物地球化学功能研究方面，它仍是研究最少的区域之一。在发表于《Frontiers in Microbiology》的最新研究中，我们利用宏基因组学手段，调查了印度洋贫营养表层海水的微生物群落...
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利用长片段读取测序实现人类三元组的高精度单倍型组装
了解遗传变异如何在个体基因组内遗传和分布，是推进精准医学和进化研究的关键。在发表于《Bioinformatics》的最新研究中，我们提出了 HAST（基于三元组分箱策略的合成长读长单倍型组装，Haplotype-resolved As...
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条纹斑竹鲨染色体级基因组组装：洞察演化与免疫机制
以鲨鱼为代表的软骨鱼类代表了脊椎动物演化的早期分支，为研究染色体进化、免疫系统和骨骼发育提供了宝贵见解。在发表于《iScience》的最新研究中，我们发布了条纹斑竹鲨（Chiloscyllium plagiosum）的染色体级基因组组...
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非洲龙鱼基因组：揭示古老硬骨鱼类的演化奥秘
硬骨鱼类的进化历史与大陆漂移紧密相连，这一过程塑造了它们的遗传多样性和适应性特征。在发表于《iScience》的最新研究中，我们发布了非洲龙鱼（Heterotis niloticus，又名非洲骨舌鱼）的染色体级基因组组装序列，并与其近...
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解码红树林生态系统的微生物分类学与功能特性
红树林生态系统是独特的海岸环境，孕育了多样化的微生物群落，在营养循环和环境韧性中发挥着至关重要作用。在发表于《mSystems》的最新研究中，我们调查了中国南方两个不同红树林生态系统的微生物分类与功能转变，揭示了它们在生物活性化合物生...
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中华白海豚染色体级基因组组装研究
中华白海豚（Sousa chinensis）是一种近岸生活的水生哺乳动物，由于栖息地丧失、污染和人类活动的影响，正面临着日益严重的威胁。在发表于《iScience》的最新研究中，我们发布了中华白海豚的染色体级基因组组装序列，为鲸目动物...
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三七染色体级基因组组装与全基因组关联分析研究
三七（Panax notoginseng）是一种具有重要经济和治疗价值的中药材。其活性成分——尤其是三七皂苷——因具有多种药理益处而长期受到研究关注。在发表于《iScience》的最新研究中，我们发布了三七的染色体级基因组组装序列，为...
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红树林物种叶绿体基因组比较研究：系统发育与进化分析见解
红树林生态系统作为陆地与海洋之间的关键环境缓冲带，孕育了许多适应极端海岸条件的独特植物物种。尽管具有重要的生态价值，但红树林物种的叶绿体基因组在很大程度上仍未得到充分探索。在发表于《BioMed Research Internatio...
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柬埔寨虎鱼基因组测序：揭示系统发育与保护遗传学见解
柬埔寨虎鱼（Datnioides undecimradiatus，又称十一棘拟松鲷）是原产于中南半岛湄公河流域的一种易危淡水鱼类。作为一种具有生态意义的观赏鱼种，了解其遗传背景对于保护工作至关重要。在发表于《科学报告》（Scienti...
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红树林质体基因组的谱系特异性进化研究
红树林繁茂于热带及亚热带沿海地区，是连接陆地与海洋生态系统的桥梁。红树植物是由其陆生祖先多次独立进化而来的，这为研究基因组趋同进化与谱系特异性适应提供了绝佳机会。在发表于《植物基因组》（The Plant Genome）的最新研究中，...
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早期分化链型藻类基因组揭示植物陆地化进程
植物从水生向陆生环境的过渡是进化史上一个至关重要的时刻。虽然陆地植物（胚胎植物）已经得到了广泛研究，但与其亲缘关系最近的藻类近亲——链型藻类（Streptophyte algae）——为这一转变提供了关键见解。在发表于《自然·植物》（...
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染色体级橡胶树基因组揭示演化历程与橡胶生物合成机制
橡胶树（Hevea brasiliensis）是天然橡胶的主要来源。作为一种关键的工业原料，天然橡胶目前尚无完全对等的合成替代品。深入了解橡胶产量及植物进化的遗传机制，对于培育抗逆性强、高产的品种至关重要。在发表于《植物细胞》（Mol...
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波罗蜜与面包栗基因组草图：揭示淀粉与糖分代谢机制
波罗蜜（Artocarpus heterophyllus）和面包栗（Artocarpus altilis，又称面包果）是波罗蜜属（Artocarpus）中具有重要经济和营养价值的两个物种。作为热带地区的重要主食作物，其基因组特征对于理...
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红树林真菌多变青霉 HXQ-H-1 的染色体级基因组组装研究
红树林生态系统孕育了种类繁多的微生物，其中真菌在有机物质分解和次级代谢产物生产中发挥着至关重要的作用。在这些真菌中，多变青霉（Penicillium variabile） 是一种广泛分布的子囊菌，因其能够产生具有药物潜力的生物活性化合...
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红茄基因组草图发布：推进抗病性与耐旱性研究
红茄（Solanum aethiopicum，又称非洲茄子）是遍布热带非洲的重要作物，具有极高的营养和药用价值。尽管其地位重要，但与茄科的其他亲缘物种相比，有限的基因组资源减缓了其育种进程。在发表于《GigaScience》的最新研究...
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545 份银杏基因组重测序：揭开“活化石”的进化史
作为地球上最古老的现存植物之一，银杏（Ginkgo biloba） 已生存了超过 2 亿年，在剧烈的环境变迁中保持了强大的生命力。在发表于《自然·通讯》（Nature Communications）的最新研究中，我们发布了全球 51 ...
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探索抹香鲸的共生微生物组
海洋哺乳动物的共生微生物群在其健康维护和海洋环境适应中发挥着至关重要的作用。然而，由于样本采集的巨大挑战，关于抹香鲸（Physeter catodon）相关微生物群落的了解仍非常有限。在发表于《PeerJ》的最新研究中，我们发布了首个...
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429 份鹰嘴豆材料重测序：揭示基因组多样性与驯化历史
鹰嘴豆（Cicer arietinum）是一种极具营养和农业价值的主粮豆类作物。了解其遗传多样性对于作物改良至关重要，尤其是在应对气候挑战的背景下。在发表于《自然·遗传学》（Nature Genetics）的最新研究中，我们对来自 4...
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抹香鲸染色体级基因组组装：洞察海洋哺乳动物进化
海洋哺乳动物是独特的进化模型，展示了通过生理和遗传修饰对水生环境的适应。其中，抹香鲸（Physeter macrocephalus）作为潜水最深的海洋哺乳动物之一，因其极端的生理能力一直吸引着科学家的关注。在发表于《分子生态学资源》（...
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许氏平鲉染色体级基因组组装：揭示卵胎生演化的分子机制
许氏平鲉（Sebastes schlegelii，俗称黑鱼、黑鲪）是一种表现出卵胎生（Viviparity）特性的硬骨鱼类。卵胎生是一种独特的繁殖策略：卵子在体内受精，并留在母体生殖系统中发育直至产出活体幼鱼。与大多数在体外产卵的硬骨...
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植物园分子数字化：689 种维管植物的高深度基因组测序研究
基因组测序改变了植物研究，为物种多样性、进化和适应性提供了深刻见解。然而，已完成全基因组测序的植物物种数量仍然有限。在发表于《GigaScience》的最新研究中，我们展示了对采集自中国瑞丽植物园的 689 种维管植物进行的高深度全基...
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芸苔属基因组染色体级比较分析研究
芸苔属（Brassica）物种在农业生产和进化研究中具有重要地位，其基因组受到多倍化事件和广泛结构变异的影响。在发表于《植物分子生物学》（Plant Molecular Biology）的最新研究中，我们发布了黑芥（Brassica ...
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五种非洲“被忽视作物”基因组草图：扩展粮食安全的遗传资源
为了实现全球粮食供应的多样化并增强营养安全，那些未被充分利用的作物——通常被称为“被忽视作物”（Orphan Crops）——提供了一条至关重要的途径。与小麦、水稻和玉米等主要主粮作物不同，这些物种尽管在经济、营养和环境方面具有重要意...
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花鲈染色体级基因组组装研究
花鲈（Lateolabrax maculatus，又称海鲈）是中国广泛养殖的一种具有重要商业价值的鱼类。尽管其在水产养殖中地位重要，但关于该物种的遗传学研究一直相对受限，且长期缺乏高质量的参考基因组。在发表于《GigaScience》...
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泰国斗鱼染色体级参考基因组研究
泰国斗鱼（Betta splendens）以其高度的攻击性行为而闻名，是研究硬骨鱼类攻击性遗传基础和行为性状的重要模型物种。然而，由于缺乏高质量的参考基因组，此前更深层次的遗传和进化研究一直受到限制。在发表于《GigaScience》...
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日本鹌鹑群体基因组学：揭示遗传多样性与驯化历程
日本鹌鹑（Coturnix japonica）是具有重要农业和科学价值的家禽品种。作为鸟类遗传学的模型生物，其发育快、遗传性状明显的特点使其成为研究驯化和进化过程的理想选择。在发表于《GigaScience》的最新研究中，我们发布了日...
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珍珠粟基因组测序：改良干旱地区农艺性状的重要资源
珍珠粟（Cenchrus americanus）是干旱和半干旱地区（尤其是撒哈拉以南非洲和南亚）超过 9000 万农户的主粮作物。它对极端环境条件的耐受力——如高温、低土壤湿度和有限的降雨——使其成为变暖气候下保障粮食安全的关键作物。...
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合浦珠母贝基因组测序：揭示生物矿化机制
产珠软体动物长期以来被认为是具有极高经济价值的物种，不仅因为其产出的精美珍珠，还因其在水产养殖和海洋生物学研究中的重要地位。了解这些物种的遗传基础对于优化珍珠培育、物种保护以及生物矿化研究至关重要。在发表于《GigaScience》的...
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西藏药用植物大花红景天基因组草图发布
大花红景天（Rhodiola crenulata）是一种极具价值的药用植物，在中药和藏药中地位显著。它因其药理特性而闻名，包括对心血管健康、抗应激以及抗菌活性的潜在益处。尽管其医学和经济重要性日益增加，但关于该物种的基因组信息此前一直...
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流苏鹬替代性繁殖策略的基因组基础研究
流苏鹬（Philomachus pugnax）是一种迁徙性涉禽，拥有动物界中最复杂、最迷人的交配系统之一。雄性流苏鹬存在三种截然不同的表型（Morphs）：独立型（Independents）、卫星型（Satellites）和费德型（F...
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解锁陆地棉基因组图谱，揭示异源四倍体演化奥秘
我们于 2015 年在《Nature Biotechnology》发表的研究，首次组装了高质量的陆地棉（TM-1）参考基因组，为棉花纤维改良和抗性育种提供了核心遗传资源。
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细脆蛇蜥（*Ophisaurus gracilis*）基因组草图发布
从类蜥蜴形态向类蛇形态的转变是爬行动物演化中最引人注目的变革之一。尽管爬行动物研究中的基因组资源日益丰富，但四肢退化与躯干伸长的遗传基础在很大程度上仍未被揭示。在发表于《GigaScience》的最新研究中，我们发布了首个细脆蛇蜥（一...
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小兰屿蝴蝶兰基因组测序：揭示兰花进化与花部多样性
兰科植物是自然界中多样性最高、最引人入胜的植物家族之一，展现了卓越的花部适应性及生态策略。作为重要的观赏植物，小兰屿蝴蝶兰（Phalaenopsis equestris） 因其独特的形态和超长的花期，长期以来一直被广泛用于育种。在发表...
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比较群体基因组学揭示桃的驯化历史
桃（Prunus persica）是经济和文化价值最高的水果作物之一，其驯化历史可追溯至数千年前。作为一种多年生果树，桃的遗传进化过程与一年生植物有所不同，表现出独特的选择压力和驯化模式。在发表于《基因组生物学》（Genome Bio...
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黄瓜基因组变异图谱：揭示驯化历史与遗传多样性
当今消费的大多数水果都是长期驯化和育种的结果。然而，在许多水果作物中，驯化性状及其群体多样性的遗传基础在很大程度上仍未得到充分探索。在发表于《自然·遗传学》（Nature Genetics）的最新研究中，我们通过对从全球 3,342 ...
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中国仓鼠及其卵巢细胞系（CHO）的基因组图谱研究
中国仓鼠卵巢（CHO）细胞是生物制药领域的首选生产宿主，广泛用于治疗性蛋白质、抗体和激素的开发。然而，不同 CHO 细胞系之间的遗传异质性给系统研究和工程化改造带来了挑战。在发表于《自然·生物技术》（Nature Biotechnol...
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谷子基因组测序：揭示禾本科进化与生物燃料潜力
谷子（Setaria italica，又称粟）是一种具有极高营养价值和历史意义的耐旱作物，早在 8,700 多年前就在中国被驯化。作为生命力最顽强的谷物之一，它是生物燃料研究和植物进化研究的理想模型。尽管谷子在经济和生态上具有重要地位...
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《Nature Genetics》：Maize HapMap2 揭示玉米基因组的复杂多样性
我们于2012年在《Nature Genetics》发表的研究，通过对 103 个玉米品种的大规模测序，构建了当时最详尽的玉米变异图谱，助力解锁野生品种中的优异基因。
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50 份栽培大豆与野生稻重测序：农艺基因鉴定研究
水稻（Oryza sativa）是一种经历了广泛驯化的主粮作物，其表型和生理特征发生了显著变化。了解栽培稻与野生稻之间的遗传差异，是挖掘核心农艺性状基因、优化育种策略以及提升作物产量与抗逆性的关键。在发表于《自然·生物技术》（Natu...
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31 份野生和栽培大豆基因组重测序：揭示遗传多样性与驯化历史
大豆（Glycine max）是全球范围内至关重要的农作物，也是蛋白质和油脂的主要来源。深入了解其遗传多样性和驯化历史，对于优化育种策略和保障农业可持续发展具有重要意义。在发表于《自然·遗传学》（Nature Genetics）的最新...
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