泰国斗鱼染色体级参考基因组研究

泰国斗鱼（Betta splendens）以其高度的攻击性行为而闻名，是研究硬骨鱼类攻击性遗传基础和行为性状的重要模型物种。然而，由于缺乏高质量的参考基因组，此前更深层次的遗传和进化研究一直受到限制。在发表于《GigaScience》的最新研究中，我们发布了首个泰国斗鱼染色体级基因组组装序列，为比较研究和行为遗传学提供了核心基因组资源。

主要发现

• 高质量基因组组装：
  • 组装后的基因组大小为 465.24 Mb，其 Scaffold N50 达到 949.03 Kb。
  • 通过 Hi-C 测序技术，我们成功将 93% 的组装序列锚定到 21 条染色体上，提供了一个更完整、更具结构化的基因组参考。
• 比较基因组学与染色体保守性：
  • 泰国斗鱼与青鳉（Oryzias latipes）之间的染色体映射显示了强烈的染色体保守性，同时在三条染色体中发现了重排事件。
  • 我们鉴定了 23,981 个蛋白编码基因，并得到了多组织（脑、肝脏、肌肉、心脏）转录组数据的支持。
• 攻击性的遗传基础：
  • 通过对 5 个不同品种的泰国斗鱼进行全基因组重测序，我们检测到了 340 万个单核苷酸变异（SNVs）和 27,305 个插入/缺失（indels）。
  • 鉴定出 NLRP3（炎症反应）、TRIM47（应激调节）和 AVPR2（精氨酸加压素受体） 等基因家族的扩张，这些可能与攻击相关行为密切相关。

研究感悟

这项研究是与澳门大学李子安（Simon Lee）教授团队合作完成的，是我们广泛的基因组研究计划的一部分。我们团队主导了测序和数据分析工作，利用高通量基因组技术为硬骨鱼类的行为遗传学建立了基础参考。该项目是探索攻击性行为基因组机制的重要一步，为比较基因组学和进化研究提供了宝贵的数据支持。

研究全文可通过 GigaScience 在线访问。