柬埔寨虎鱼基因组测序：揭示系统发育与保护遗传学见解

柬埔寨虎鱼（Datnioides undecimradiatus，又称十一棘拟松鲷）是原产于中南半岛湄公河流域的一种易危淡水鱼类。作为一种具有生态意义的观赏鱼种，了解其遗传背景对于保护工作至关重要。在发表于《科学报告》（Scientific Reports）的最新研究中，我们发布了首个柬埔寨虎鱼全基因组序列，揭示了其系统发育地位和遗传适应性。

主要发现

• 高质量基因组组装： 利用 stLFR 共条形码技术和 Oxford Nanopore 纳米孔测序，我们生成了 595 Mb 的基因组组装序列，这也是松鲷目（Lobotiformes）的首个参考基因组。

• 解决系统发育争议： 系统发育分析证实，松鲷目与石首鱼科（Sciaenidae）的亲缘关系比与鲀形目（Tetraodontiformes）更近，解决了鱼类分类学中长期存在的争议。

• 色素发育与遗传保守性： 我们鉴定了参与色素合成的四个关键限速基因，这些基因在鱼类特异性的基因组倍增事件后得以保留，这解释了该物种独特的体色特征。

• 人口历史与种群衰退： 研究估算了柬埔寨虎鱼的有效群体大小（Effective population size），揭示了其种群规模一直在持续缩减，这可能与免疫相关基因的收缩有关。

研究感悟

这项研究在理解柬埔寨虎鱼的进化历史和保护需求方面迈出了重要一步。通过与鱼类基因组学专家合作，我们成功地组装并分析了其基因组，在系统发育学、色素沉着和种群动态方面提供了宝贵见解。这些发现不仅有助于分类学和进化生物学的研究，也为制定物种保护策略提供了基因组学资源。

研究全文可通过 Scientific Reports 在线访问。