饰纹波罗鱼染色体级基因组：揭示早期真骨鱼类的演化奥秘

我们近期发表了饰纹波罗鱼（Chitala ornata，又称七星飞刀）的染色体级基因组组装序列。作为早期真骨鱼类中的关键物种，这一最先进的基因组资源不仅为骨舌鱼目（Osteoglossiformes）树立了新的标准，也为研究早期真骨鱼类——这一地球上多样性最丰富的脊椎动物类群——的演化历史提供了新见解。

主要发现

• 高质量基因组组装： 我们组装了一个大小为 837 Mb 的基因组，其 Contig N50 达到 32.78 Mb，Scaffold N50 达到 40.73 Mb。通过将 94.78% 的组装序列锚定到 21 条染色体上，这项工作代表了该类群目前质量最高的基因组。

• 演化见解： 系统发育分析表明，饰纹波罗鱼大约在 2.03 亿年前发生分化，这一时期与大陆分离事件呈现出有趣的关联。这一时间节点为理解早期真骨鱼类的宏观演化模式提供了重要背景。

• 解读胸鳍演化： 最引人入胜的发现之一是：我们发现在 Gli3 基因附近的调控元件发生了独特的缺失——这一观察结果可能是真骨鱼类胸鳍特化适应的基础。此外，我们还揭示了转座子（TE）扩张与收缩的特定模式，这可能促成了真骨鱼类基因组独特的紧凑性。

研究感悟

这项工作主要由刘心的博士生袁增报以及华大生命科学研究院青岛分院海洋基因组学团队共同完成。这再次印证了我们致力于解码进化之谜，并将这些见解应用于更广泛的脊椎动物生物学理解中的承诺。

展望未来

我们提供的全面基因组数据为进一步研究早期真骨鱼类演化提供了宝贵资源。我们渴望进一步探索所观察到的调控变化的生理功能，特别是关于胸鳍的演化，并将这些见解扩展到脊椎动物的其他关键性状研究中。

我期待分享更多我们的发现以及一路上克服的挑战。每一个这样的项目都让我更加坚信进化的无穷奥妙——以及基因组学在揭示这些秘密中所扮演的关键角色。

研究全文可在线访问相关学术平台。